Ο Στέφανος Μανιώτης τελείωσε την γυμναστική Ακαδημία. Διατέλεσε πολλά χρόνια σαν βοηθός προπονητή-στατιστικολόγος στην αντρική ομάδα του ΠΑΟΚ(Α1 ανδρών) και συνεργάστηκε με προπονητές παγκοσμίου κλάσης.
Από το 2008 ξεκίνησε την προπονητική του καριέρα στα αναπτυξιακά τμήματα του Ηρακλή, συνέχισε με την αντρική ομάδα του Απόλλων Καλαμαριάς(Β εθνική) και τα τελευταία χρόνια έχει αναλάβει τα ανταπτυξιακά τμήματα του συλλόγου και την αντρική ομάδα(Α2 ανδρών).